簽署后，國民政府迅速進(jìn)行整編復(fù)員，擬定保留軍隊(duì)的表冊，和最初兩個月部隊(duì)復(fù)員的次序，并將表冊送達(dá)軍事小組。為有效率地進(jìn)行整編，編制了《三十五年度國軍部隊(duì)整編實(shí)施方案》，計(jì)劃將現(xiàn)有步兵89個軍，239個師（青年軍三個軍八個師在內(nèi)，中共部隊(duì)除外。）騎兵2個軍，13個師，在1946年3月起至明年2月止，整編為步兵30個軍共90個師，編余官兵，分別退伍或轉(zhuǎn)業(yè)。

整編的第一個步驟是各軍一律縮編為師，裁減三分之一；各師選留二團(tuán)，裁減一團(tuán)，縮編為旅。把原三師九團(tuán)之軍，縮編為三旅六團(tuán)之師；原二師六團(tuán)之軍，縮為二旅四團(tuán)之師，各獨(dú)立師一律縮為二團(tuán)制之獨(dú)立旅。分三期進(jìn)行，每期約二個月。第一期自3月開始，至4月底完成，整編隴海沿線及西北部隊(duì)（新疆河西除外），共27個軍，66個師。第二期自5月開始，至6月底完成，整編長江流域及其以南部隊(duì)，共32個軍92個師。第三期由7月開始，至8月底完成，整編東北、華北及新疆部隊(duì)，共25個軍，67個師、2個旅。

第二個步驟照軍事三人小組所簽訂的《整軍方案》實(shí)施，各步兵師均須按照正式編制，整編為90個步兵師，每師兩旅四團(tuán)約14000人，每軍部及直屬部隊(duì)約1400人。預(yù)定整編第一個月（即1946年3月）為準(zhǔn)備時間，第二至第十一共十個月，每月各編成九個師，第十二個月為檢討時間。其整編方法如下：

1、美械部隊(duì)之新1軍及新6軍兩個軍，每軍整編為二師。新6軍之第207師改為預(yù)備軍官訓(xùn)練機(jī)構(gòu)，另由他軍撥一師加入整編。其余11個軍，除每軍已縮編為三旅六團(tuán)制之師，再按二旅四團(tuán)之正式編制整編為師外，其余之一旅則抽出與其它美械師剩余之一旅合編為師，共計(jì)美械部隊(duì)13個軍，整編為20個師。

2、國械部隊(duì)原為二旅四團(tuán)者，即照正式編制編師；原為三旅六團(tuán)者，須裁編一個旅。

3、第22、67、82等三個軍改師后，所保留之一旅，即撥改為地方保安團(tuán)隊(duì)。將其應(yīng)改之第22、67、82等三個師番號撥給美械部隊(duì)，分編成立。

編余軍官送到軍官總隊(duì)接受轉(zhuǎn)業(yè)訓(xùn)練者共161,660名，士兵第一、二兩期共受轉(zhuǎn)業(yè)訓(xùn)練者53，125名，士兵經(jīng)各部隊(duì)送補(bǔ)給區(qū)與供應(yīng)局者共有32,091名，由各機(jī)關(guān)直接送復(fù)員站者有4716名，到復(fù)員站遣送回家者有2787名。1946年7月，國民政府已將54個軍整編成師，復(fù)員軍官達(dá)144,608人，