他認為：從自然地理觀點，長江大壩攔截水沙流，阻礙江口蘇北每年十萬畝的造陸運動;淤塞重慶以上河槽，阻斷航道，壅塞將漫延到瀘州、合川以上，勢必毀壞四川壩田。目前測量底水輸移率尚缺乏可靠的手段，河工模型動床試驗在長期內(nèi)長段落中尚欠合理基礎，只可定性，不能定量，不足以推算長江長期堆積量。故此而論， 長江三峽大壩永不可修 。如果是為了發(fā)電，可在云貴湘鄂贛各省非航道上建大中型電站，它們的單價低、工期短，經(jīng)濟效益比三峽大壩發(fā)電要大四倍以上。就流域經(jīng)濟規(guī)劃而言，也應先修四川盆地邊緣山區(qū)之壩，如烏江電站等為宜。

　　此外，從國防的角度看，大壩建起來后無法確保不被敵襲，也很不安全。黃萬里預言：“ 三峽高壩若修建，終將被迫炸掉。 ”同時，他還指出，公布的論證報告錯誤百出，必須懸崖勒馬、重新審查，建議立即停止一切籌備工作，分專題公開討論，不難得出正確的結論。

　　1986年，中共中央、國務院決定對三峽工程進行論證，黃萬里教授沒有被邀請參加工程論證。黃萬里數(shù)次給中央領導人和政治局，國務院總理、副總理、國家監(jiān)察部寫信，痛述三峽工程的危害。要求中央決策層給他半個小時的時間，陳述為什么三峽工程永不可建的原因。但沒有答復。

　　黃萬里晚年病重昏迷中仍喃喃呼出：“三峽!三峽，三峽千萬不能上!”2001年8月27日，他帶著無盡的遺憾離開了人世。

　　黃萬里報憾辭世

　　“圣人出，黃河清”是封建時代的人文思維，帶有讖緯迷信色彩，在嚴肅的科學論證面前，本來上不得臺面。但當時的某些參與決策者，竟然將這種腐朽觀念奉若神明。蘇聯(lián)專家不會懂得這個掌故，肯定是中國人才會搬出這種錯誤的人文思維作為武器，為錯誤的技術思維開路。該工程當時沒有問責制，如今要想問責，主要決策者已經(jīng)不在了，剩下幾個技術官僚和科學“泰斗”，在責任上“顧左右而言他”，肉爛嘴不爛。

　　在既有三門峽和阿斯旺的前車之鑒、國內(nèi)也存在眾多反對意見的背景下，三峽工程議案于1992年被七屆人大五次會議以1767票通過，反對177票，棄權664票，贊成票數(shù)之少，在人大歷史上是空前的。

　　國家機器需要“標準件”，“獨立思想者”如黃萬里教授者，在歷次政治運動中紛紛落馬，或被棄置不用，形成了人才選拔上的“精英淘汰制”，這就為好用聽話的“標準件”入選創(chuàng)造了條件。經(jīng)過“文革”對文化、道德的摧殘，急功近利的技術思維逐漸占據(jù)上風，也就不足為怪了。

　　三門峽工程不足四年就現(xiàn)世現(xiàn)報，水利工程逐漸變成了“水害工程”。在難以逆轉的生態(tài)災害形成之后，如何恢復生態(tài)，能否拆除這個廢物，就成了誰也負責不了的“老大難”。誰又能夠想象，將來三峽工程正式退休以后，后代子孫該如何為它老人家送終?