1957年6月，由周恩來總理主持，水利部召集70名學(xué)者和工程師在北京飯店開會，給前蘇聯(lián)專家的方案提意見，談看法。參加這次會議的所有專家學(xué)者，除了一位名叫溫善章的人提出改修低壩外，只有 黃萬里一人，從根本上全面否定了前蘇聯(lián)專家的規(guī)劃，其余的人異口同聲，贊成三門峽大壩上馬，認(rèn)為三門峽大壩建成后，黃河就要清水長流了。研討會開了10天， 黃萬里參加了7天，也辯論了7天，到最后，會議就成了以他為對象的批判會。

　　孤身反對三門峽工程，被劃為“右派”

　　957年上半年，三門峽工程即將開工。黃萬里在水文課堂上給同學(xué)們講述了他對三門峽工程的看法，一是水庫建成后很快將被泥沙淤積，結(jié)果是將下游可能的水災(zāi)移到上游成為人為的必然的災(zāi)害。二是所謂“ 圣人出黃河清 ”的說法毫無根據(jù)。因為黃河下游河床的造床質(zhì)為沙土，即使從水庫放出的是清水，也要將河床中的沙土挾裹而下。在課堂上，他對“圣人出黃河清”的說法甚為不屑，使人覺得這種說法實出于政治阿諛而缺乏起碼的科學(xué)精神。

　　早在1956年5月，黃萬里就向黃河流域規(guī)劃委員會提出了《對于黃河三門峽水庫現(xiàn)行規(guī)劃方法的意見》。這篇文章刊于《中國水利》1957年第八期，并收入了《三門峽水利樞紐討論會資料匯編》(1958年4月水利電力部印)。意見書全面否定蘇聯(lián)專家關(guān)于三門峽水庫的規(guī)劃，而不是只在個別問題上持不同意見。 在反右期間，向一個黨支部書記提意見就是“反黨” 。指名道姓地說鄧子恢副總理的報告“不正確”。光這一句話就夠右派了。

　　1958年11月25日，三門峽工程開始黃河截流。1960年6月高壩筑至340米，開始攔洪，同年9月關(guān)閘蓄水?dāng)r沙，是年潼關(guān)以上渭河大淤，淹毀良田80萬畝，一個小城被迫撤離。庫內(nèi)的水位在漲，庫區(qū)的農(nóng)民一批批揮淚踏上離鄉(xiāng)背井之路。這一切不幾乎都在黃萬里的預(yù)見中嗎?其實，黃萬里只是本著科學(xué)家的良知，說出了關(guān)于黃河及泥沙與三門峽大壩問題的科學(xué)的真話，可是他被非民主決策擊敗了，他成了“反黨反社會主義的右派分子”。