1957年6月，由周恩來(lái)總理主持，水利部召集70名學(xué)者和工程師在北京飯店開(kāi)會(huì)，給前蘇聯(lián)專家的方案提意見(jiàn)，談看法。參加這次會(huì)議的所有專家學(xué)者，除了一位名叫溫善章的人提出改修低壩外，只有 黃萬(wàn)里一人，從根本上全面否定了前蘇聯(lián)專家的規(guī)劃，其余的人異口同聲，贊成三門(mén)峽大壩上馬，認(rèn)為三門(mén)峽大壩建成后，黃河就要清水長(zhǎng)流了。研討會(huì)開(kāi)了10天， 黃萬(wàn)里參加了7天，也辯論了7天，到最后，會(huì)議就成了以他為對(duì)象的批判會(huì)。

　　孤身反對(duì)三門(mén)峽工程，被劃為“右派”

　　957年上半年，三門(mén)峽工程即將開(kāi)工。黃萬(wàn)里在水文課堂上給同學(xué)們講述了他對(duì)三門(mén)峽工程的看法，一是水庫(kù)建成后很快將被泥沙淤積，結(jié)果是將下游可能的水災(zāi)移到上游成為人為的必然的災(zāi)害。二是所謂“ 圣人出黃河清 ”的說(shuō)法毫無(wú)根據(jù)。因?yàn)辄S河下游河床的造床質(zhì)為沙土，即使從水庫(kù)放出的是清水，也要將河床中的沙土挾裹而下。在課堂上，他對(duì)“圣人出黃河清”的說(shuō)法甚為不屑，使人覺(jué)得這種說(shuō)法實(shí)出于政治阿諛而缺乏起碼的科學(xué)精神。

　　早在1956年5月，黃萬(wàn)里就向黃河流域規(guī)劃委員會(huì)提出了《對(duì)于黃河三門(mén)峽水庫(kù)現(xiàn)行規(guī)劃方法的意見(jiàn)》。這篇文章刊于《中國(guó)水利》1957年第八期，并收入了《三門(mén)峽水利樞紐討論會(huì)資料匯編》(1958年4月水利電力部印)。意見(jiàn)書(shū)全面否定蘇聯(lián)專家關(guān)于三門(mén)峽水庫(kù)的規(guī)劃，而不是只在個(gè)別問(wèn)題上持不同意見(jiàn)。 在反右期間，向一個(gè)黨支部書(shū)記提意見(jiàn)就是“反黨” 。指名道姓地說(shuō)鄧子恢副總理的報(bào)告“不正確”。光這一句話就夠右派了。

　　1958年11月25日，三門(mén)峽工程開(kāi)始黃河截流。1960年6月高壩筑至340米，開(kāi)始攔洪，同年9月關(guān)閘蓄水?dāng)r沙，是年潼關(guān)以上渭河大淤，淹毀良田80萬(wàn)畝，一個(gè)小城被迫撤離。庫(kù)內(nèi)的水位在漲，庫(kù)區(qū)的農(nóng)民一批批揮淚踏上離鄉(xiāng)背井之路。這一切不幾乎都在黃萬(wàn)里的預(yù)見(jiàn)中嗎?其實(shí)，黃萬(wàn)里只是本著科學(xué)家的良知，說(shuō)出了關(guān)于黃河及泥沙與三門(mén)峽大壩問(wèn)題的科學(xué)的真話，可是他被非民主決策擊敗了，他成了“反黨反社會(huì)主義的右派分子”。