于是三門峽工程改建的“兩洞四管”方案確立。改建的四條鋼管于1966年7月投入運用，增建的兩個隧洞分別于1967年8月、1968年8月建成，水庫淤積開始減緩，排沙能力依然不足，潼關(guān)以上河床“翹尾巴”淤積還在繼續(xù)。

　　事實雖證明真理在黃萬里一邊，但令人傷心的是，有些人反而遷怒于提出正確意見的黃萬里。1961年，黃萬里“奉命在密云勞動，與昌黎民工同居同食同勞，所居半自地下掘土筑成。”“文革”中更貶他到三門峽挖廁所以示懲罰。

　　三門峽工程的一切問題和災(zāi)難都按黃萬里的預(yù)言來了。我們從這一重大失敗中總結(jié)教訓(xùn)，可以使我們獲得大量思想資源。但傳統(tǒng)文化的慣性卻導(dǎo)致一些人要隱瞞真相，歪曲事實，混淆是非，為自己、為大人物、為尊者，文過飾非。

　　六次上書中央談三峽問題

　　1980年2月26日，在度過了22年半的右派生涯后，黃萬里終于獲得了右派“改正的決定”。決定只有短短幾行，稱：“黃萬里同志原劃右派問題屬于錯劃。經(jīng)中共北京市委批準予以改正。恢復(fù)政治名譽，恢復(fù)高教二級教授的工資待遇。”

　　經(jīng)歷了20多年的冤屈鎮(zhèn)壓，黃萬里仍沒學(xué)會看政治風(fēng)向表達學(xué)術(shù)觀點。從上三峽大壩的消息傳出后，黃萬里就先后給眾多國家領(lǐng)導(dǎo)人上書，不遺余力地反對在長江三峽上建大壩。