反艦彈道導(dǎo)彈在研發(fā)與制造中的最大難點在于末端制導(dǎo)系統(tǒng)。在相同的制導(dǎo)水平和干擾條件下，2馬赫的超音速反艦導(dǎo)彈的末端制導(dǎo)時間比0.8馬赫的亞音速導(dǎo)彈要少60%左右。而反艦彈道導(dǎo)彈對末端制導(dǎo)系統(tǒng)要求更高。

　　當再入大氣層時，由于受到巨大的空氣阻力，彈頭速度會迅速減小，因而過載較大，可達數(shù)十個重力加速度。導(dǎo)彈的末制導(dǎo)系統(tǒng)屬于高度精密傳感器，它能不能承受過大的過載是一個難題。有專家指出，讓反艦彈道導(dǎo)彈的制導(dǎo)系統(tǒng)適應(yīng)數(shù)十個重力加速度的工作環(huán)境是一項艱巨的任務(wù)，或許也是不可能完成的工作。

　　美國某網(wǎng)站2009年1月刊登的一篇名為《超視距雷達與反艦彈道導(dǎo)彈》的文章稱：反艦彈道導(dǎo)彈系統(tǒng)打擊航母的第一步便是偵察衛(wèi)星用雷達確認目標并不間斷地提供發(fā)射反艦彈道導(dǎo)彈的方位數(shù)據(jù)。

　　海上的航母一直處在運動之中，反艦彈道導(dǎo)彈在進行射擊諸元裝定時，只能將瞄準點選在航母活動范圍內(nèi)的某一確定點上。待導(dǎo)彈到達目標區(qū)域上空后，再依賴導(dǎo)彈自帶的末制導(dǎo)系統(tǒng)尋找目標。

　　導(dǎo)彈的末制導(dǎo)導(dǎo)引頭的探測距離一般為20～60公里。反艦彈道導(dǎo)彈能否將彈頭送到距航母60公里以內(nèi)甚至更近的區(qū)域，成為攻擊航母的關(guān)鍵。

　　以SS-NX-13為例，假設(shè)導(dǎo)彈飛行速度4馬赫，那么導(dǎo)彈抵達1100公里最大射程處的時間約13分鐘;再假設(shè)航母以30節(jié)的速度航行，在這段時間內(nèi)的航行距離為13公里左右。

　　相比反艦彈道導(dǎo)彈的飛行速度，航母的這段航行距離幾乎可以忽略不計。理論上只要偵察系統(tǒng)一發(fā)現(xiàn)目標就立刻發(fā)射導(dǎo)彈，那么導(dǎo)彈就完全有可能擊中航母。

　　可現(xiàn)實并非如此。畢竟從偵察衛(wèi)星發(fā)現(xiàn)目標到反艦彈道導(dǎo)彈發(fā)射需要時間，這些時間加起來比導(dǎo)彈從發(fā)射到飛抵目標區(qū)的時間要長得多。

　　同時，要將彈頭送到距航母有效末端制導(dǎo)范圍內(nèi)，反艦彈道導(dǎo)彈必須具有中段彈道修正能力，并根據(jù)航母的運動情況，調(diào)整飛行彈道，使彈頭更靠近攻擊目標。為了實現(xiàn)此目標，SS-NX-13在研制過程中采用了全程慣性制導(dǎo)，在末段飛行時使用雷達導(dǎo)引頭對目標進行自動尋的。