1949年底，盧漢在云南起義，假借召開會議將余程萬、李彌等扣押，余程萬將26軍改編為第13軍向盧漢投誠。后來，在第8軍和第26軍的軍事壓力下，盧漢釋放了李彌和余程萬。當(dāng)時臺灣方面已下令解除余程萬26軍軍長職務(wù)。之后，余程萬和湯堯、李彌乘搭空軍總司令王叔銘駕駛的總統(tǒng)專機“美齡號”，由海南三亞機場飛往臺灣。

　　跟蔣介石會談后，余程萬意識到不再被信任。蔣介石疑其意志不堅，“其實當(dāng)時他是左右為難，投共怕被囚，歸蔣則恐其疑，最后就選擇輾轉(zhuǎn)去到當(dāng)時的英國屬地香港。”曠文清說：“本想在香港呆一段時間就回大陸，結(jié)果一直沒能回去。”余程萬在香港新界鄉(xiāng)間辦了個農(nóng)場種菜養(yǎng)雞，交由曠文清打理，隱居安度晚年。

　　1955年8月27日深夜，三個匪徒進入到余程萬屏山寓所。二夫人和傭人全被捆縛。余程萬剛巧乘坐司機駕駛的私家車回家，亦為匪徒所擒。住在鄰屋閣樓的表弟甄銘鈺，悄悄從后門跑到二里外的警署報警，警察到后與劫匪發(fā)生槍戰(zhàn)，一生經(jīng)歷無數(shù)槍林彈雨的余程萬在黑暗中被亂槍打死。劫匪一人被擊斃，兩人逃脫。

　　警方公布說，余程萬是被盜匪打死的。但據(jù)曠文清后來檢查遺體，發(fā)現(xiàn)其胸腹被一排子彈打中。他判斷是沖鋒槍或輕機槍所為，當(dāng)時劫匪沒有這種裝備。將軍百戰(zhàn)身名裂，晚年竟這般被迫了此殘生，凄惶無比。其元配鄺瓊?cè)A移居美國，育有二子二女，二夫人吳冰育有一子二女，其中女兒余華芳是上世紀(jì)70年代香港著名艷星，藝名余莎莉。余程萬去世后，他們家道中落，只能溫飽度日。