聯(lián)合國教科文組織在簡要介紹中稱，《南京大屠殺檔案》由三個部分組成：第一部分關(guān)于大屠殺事件（1937年至1938年）；第二部分關(guān)于中華民國政府軍事法庭在戰(zhàn)后調(diào)查和審判戰(zhàn)犯的文件（1945年至1947年）；第三部分是中華人民共和國司法機(jī)構(gòu)的文件（1952年至1956年）�！�“慰安婦”——日軍性奴隸檔案》主要包括1931年至1949年關(guān)于“慰安婦”的檔案，記錄了“慰安婦”的情況和痛苦遭遇。

南京大屠殺檔案

      侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀(jì)念館館長朱成山曾在2014年6月表示，在《南京大屠殺檔案》中，包括身處國際安全區(qū)的金陵女子文理學(xué)院舍監(jiān)程瑞芳日記；美國牧師約翰·馬吉16毫米攝影機(jī)及其膠片母片；南京市民羅瑾冒死保存下來16張侵華日軍自拍的屠殺平民及調(diào)戲、強(qiáng)奸婦女的照片；中國人吳旋向南京臨時參議會呈送的日軍暴行照片；南京軍事法庭審判日本戰(zhàn)犯谷壽夫判決書的正本；美國人貝德士在南京軍事法庭上的證詞；南京大屠殺幸存者陸李秀英證詞；南京市臨時參議會南京大屠殺案敵人罪行調(diào)查委員會調(diào)查表；南京軍事法庭調(diào)查罪證；南京大屠殺案市民呈文；外國人日記：“占領(lǐng)南京——目擊人記述”。

南京大屠殺與慰安婦檔案

      朱成山認(rèn)為，這批檔案歷史線索清晰、記錄真實(shí)可信，檔案資料互補(bǔ)互證，構(gòu)成了完整的證據(jù)鏈，從不同角度真實(shí)地記錄了日軍在占領(lǐng)南京期間對放下武器的中國軍人和平民百姓的大肆殺戮、搶掠財物、奸污婦女的大量罪行，對于研究中國抗戰(zhàn)史、日軍暴行史，有力回應(yīng)否認(rèn)南京大屠殺歷史的日本右翼等，具有重要的史料價值。