406艇服役后一直到1995年都保留著當(dāng)時(shí)中國(guó)潛艇標(biāo)準(zhǔn)的水線上淺藍(lán)色涂裝，同年該艇回到船廠進(jìn)行了長(zhǎng)達(dá)6年的大規(guī)�，F(xiàn)代化改造和維修延壽，準(zhǔn)備為1994年剛剛列入國(guó)家專項(xiàng)的094型做前期技術(shù)驗(yàn)證。2001年，重新服役的406艇以全新的黑色涂裝亮相。

　　這次改裝實(shí)現(xiàn)了當(dāng)初討論的092型后續(xù)艇的設(shè)想，更換了反應(yīng)堆控制和保護(hù)測(cè)量系統(tǒng)，改善了整體安全性和靜音性，另外改裝了新一代慣性導(dǎo)航設(shè)備。外觀上406艇的聲吶和潛望鏡等探測(cè)設(shè)備也有改進(jìn)，還應(yīng)用了消聲瓦等降噪技術(shù)，而其“龜背”的改進(jìn)更加明顯。

　　作為艇體非耐壓殼體部分，“龜背”在水下時(shí)有大量的水涌入。為了滿足這部分水在上浮下潛過程中的快速進(jìn)出，和蘇聯(lián)667系列相似，406艇在“龜背”側(cè)面開設(shè)有多排流水孔。在這次改裝中流水孔由4排減少到2排，并采用了扁平條格柵結(jié)構(gòu)以降低流體阻力和噪音。當(dāng)然說到“龜背”內(nèi)部的最重要的改進(jìn)還是更換了巨浪-1A。相比巨浪-1，該彈采用了“巨浪上岸”的產(chǎn)物東風(fēng)-21的改進(jìn)型東風(fēng)-21甲的復(fù)合推進(jìn)劑和玻璃鋼發(fā)動(dòng)機(jī)殼體等多項(xiàng)技術(shù)，成就了“東風(fēng)下海”的佳話。導(dǎo)彈的射程從基本型的1700km延長(zhǎng)到3000km以上。