輝煌過后是長期的沉寂。當(dāng)時(shí)普遍認(rèn)為9188代表著中國核潛艇研制作為一個(gè)舉國大型科研項(xiàng)目(而非作為海軍的裝備項(xiàng)目)已經(jīng)圓滿結(jié)束，加上后續(xù)艇計(jì)劃已取消，主要生產(chǎn)廠家已經(jīng)開始了軍轉(zhuǎn)民步伐，核潛艇項(xiàng)目特別是戰(zhàn)略核潛艇實(shí)際已經(jīng)處于下馬狀態(tài)。

　　而按照國外戰(zhàn)略核潛艇的戰(zhàn)備標(biāo)準(zhǔn)，此時(shí)的406艇距離形成戰(zhàn)斗力更是差得很遠(yuǎn)很遠(yuǎn)。雖然為之組建的21和22兩個(gè)艇員隊(duì)仍然隨艇保持著基本訓(xùn)練，但在9188之后兩年多的時(shí)間，沒有任何任務(wù)的406艇只能長期停在廠內(nèi)接受維修改裝，更不要說執(zhí)行部署任務(wù)了。

　　據(jù)《劉華清回憶錄》所載，1990年江澤民主席出席405艇下水儀式時(shí)，了解到核潛艇生產(chǎn)線遇到的種種窘境，包括406艇發(fā)射筒內(nèi)竟空無一彈的情況。江澤民主席當(dāng)場拍板，“核潛艇不能斷線!”這一決策改變了中國核潛艇的發(fā)展，也改變了406艇之后的命運(yùn)。1991年10月，由我軍當(dāng)時(shí)所有核潛艇編組而成的北海艦隊(duì)某潛艇基地終于開始擔(dān)負(fù)一支戰(zhàn)斗部隊(duì)?wèi)?yīng)當(dāng)履行的戰(zhàn)備值班任務(wù)。雖然這個(gè)“值班”主要說的是開始常年出島鏈與外軍艦機(jī)遭遇對(duì)峙的091型，但406艇也開始了作為戰(zhàn)略核潛艇所必須的水下長航訓(xùn)練。