在武器配備方面殲-31應(yīng)該跟以往的殲-XX系列一樣設(shè)有內(nèi)置彈艙，通過圖片分析，應(yīng)該與F-35一樣并不設(shè)在兩側(cè)，而是在飛機機體下方。而彈藥艙的大小則存在爭議，目前無法得知是否比F-35大。

　　認(rèn)為殲-31內(nèi)置彈艙比F-35大的理由是，殲-31采用是雙引擎構(gòu)造，因為雙引擎構(gòu)造的進氣管道能夠布置在機體兩側(cè)，在彈藥艙設(shè)計上要比F-35更加自由。而另一方面中國網(wǎng)提出，殲-31的彈藥艙較小的理由是殲31機身相較F-35更窄，應(yīng)當(dāng)無法達到F-35的艙體尺寸。(圖為殲-31的右側(cè)主翼)另外，中國電視節(jié)目中曾播出過主翼懸掛鷹擊-82反艦導(dǎo)彈的模型圖片。因此可以判定，該機的主翼下會有6個導(dǎo)彈掛架。