毛澤東講話后，會議又升溫，采取大鳴、大放、大字報、大辯論的方式，批判教條主義、資產(chǎn)階級軍事路線、反黨宗派活動等，斗爭、批判愈演愈烈。訓(xùn)練總監(jiān)部被認(rèn)定為“資產(chǎn)階級軍事路線的總司令部”，原軍事學(xué)院（1957年7月，軍事學(xué)院分為高等軍事學(xué)院和軍事學(xué)院兩所學(xué)校。此時，劉伯承已不再擔(dān)任學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)職務(wù)。）是“資產(chǎn)階級軍事路線的大本營”。大會先后點了訓(xùn)練總監(jiān)部部長蕭克，訓(xùn)練總監(jiān)部副部長李達(dá)，高等軍事學(xué)院副院長陳伯鈞，軍事科學(xué)院副院長宋時輪，總參謀長粟裕，武裝力量監(jiān)察部部長兼軍事科學(xué)院院長、政治委員葉劍英，前軍事學(xué)院院長兼政治委員劉伯承的名，并稱他們是“資產(chǎn)階級軍事路線的代表人物”。由于有毛澤東的指示，會議把反“教條主義”作為中心議題，把一些已經(jīng)基本解決的問題重新提出來當(dāng)作現(xiàn)實的錯誤傾向加以批判，把一些單位實際工作中存在的某些缺點夸大為全軍性的、系統(tǒng)的“教條主義”加以反對，把本屬于工作中的思想認(rèn)識方面的問題上升到反對共產(chǎn)黨的軍事路線的高度加以追究。

　　此時，雖然有人對這種一概而論的做法有意見，但是已經(jīng)無法展開民主討論了。贊成學(xué)習(xí)蘇軍的人成了斗爭的靶子。訓(xùn)練總監(jiān)部原條令處處長蔡鐵根在會上表示：“共同條令是經(jīng)過中央軍委批準(zhǔn)下發(fā)的……”話未說完，即被誣為“大右派”，當(dāng)場被摘掉帽徽領(lǐng)章，轟出會場，關(guān)押起來。在外地治病療養(yǎng)的劉伯承，抱病出席會議并作了檢討。葉劍英表態(tài)說在訓(xùn)練總監(jiān)部沒有交好班。蕭克、李達(dá)等人也分別違心地作了檢討。

　　會后，全軍開展了反對“教條主義”和反對“單純軍事觀點”的教育和斗爭。全軍各級主管訓(xùn)練工作的干部和在院校工作的干部，大部分受到批判、被免職等處分。劉伯承被正式免去軍事學(xué)院院長職務(wù)；蕭克被免去國防部副部長、訓(xùn)練總監(jiān)部部長職務(wù)，任農(nóng)墾部副部長；李達(dá)被免去國防部副部長、訓(xùn)練總監(jiān)部副部長職務(wù)，任國家體育運動委員會副主任；院校教員特別是教研室主任一級的干部，被指責(zé)為“傳播資產(chǎn)階級軍事路線的媒介”，大部分調(diào)離院校，改行做其他工作或處理轉(zhuǎn)業(yè)。訓(xùn)練總監(jiān)部條令處處長蔡鐵根，當(dāng)時是正師職、大校軍銜，因主張學(xué)習(xí)蘇軍被撤銷處長職務(wù)，改任軍事學(xué)院教授會主任。后來，又因堅持自己的觀點向中共中央進言而獲罪，被趕出軍隊，到江蘇省常州市工業(yè)局工作。“文化大革命”中被揪斗，罪名是“反黨集團”的首腦人物。1970年3月11日上午，被押往常州市西門外公墓執(zhí)行槍決，罪名是“現(xiàn)行反革命”，時年50歲。學(xué)習(xí)蘇軍，留下了血的教訓(xùn)。

　　僥幸過關(guān)的干部，為部隊建設(shè)刻苦工作的積極性遭到嚴(yán)重打擊，長期心有余悸，不敢抓軍事訓(xùn)練，不敢抓院校工作，不敢學(xué)習(xí)外國經(jīng)驗，不敢開展軍事學(xué)術(shù)研究活動。新中國剛剛起步的人民解放軍正規(guī)化、現(xiàn)代化建設(shè)，經(jīng)過反“教條主義”運動，遭受了嚴(yán)重的挫折。

　　1959年，彭德懷在廬山會議上因向中央提意見而被批判。緊接著，中央軍委召開擴大會議，指責(zé)彭德懷也“推行資產(chǎn)階級軍事路線”，“只講現(xiàn)代化、正規(guī)化，不講革命化”，從而使學(xué)習(xí)蘇軍的活動徹底停止。

　　然而，歷史是公正的。1987年1月27日，中央軍委《關(guān)于新時期軍隊政治工作的決定》指出：“從20世紀(jì)50年代后期開始，我軍政治工作逐漸受到'左'的思想的影響，錯誤地開展反'教條主義'斗爭和批判'資產(chǎn)階級軍事路線'，給我軍建設(shè)和政治工作造成很大的損害�！�1987年11月25日，總政治部和中央軍委紀(jì)律檢查委員會決定：為在1958年因所謂“教條主義” 問題受到錯誤處理的干部徹底平反。

　　至此，30年前爭論的陰影總算消除了。