1994年初，巴空軍接受了中方建議。1995年1月雙方簽訂相關(guān)意向協(xié)議。1998年中巴簽訂聯(lián)合研制和生產(chǎn)新型殲擊機的政府間協(xié)議，正式規(guī)定其在中國的代號為FC-1。“FC”是“Fighter China”(中國戰(zhàn)斗機)的縮寫，表明它是中國自主研制的第一種殲擊機。1999年6月中巴雙方簽訂“硬合同”。但是隨后再次遭受打擊，印巴卡吉爾沖突致使巴基斯坦再次遭到西方制裁，使一系列潛在的歐洲先進航電設(shè)備供應(yīng)商無法繼續(xù)參與該項目，其中包括法國薩基姆通信公司和湯姆遜公司，以及英國BAE系統(tǒng)公司。

　　俄媒稱，中巴堅持克服一切困難，無論如何都努力繼續(xù)推進FC-1項目。在困難局面下，主要依靠自身努力，制造國產(chǎn)飛機，用較長時間進行飛機試驗。如果巴基斯坦繼續(xù)坐等符合自己要求的西方現(xiàn)代化機載設(shè)備恢復(fù)供應(yīng)，可能會對飛機研制進程造成較大延誤，因此2003年1月中巴簽訂了為首批FC-1試驗樣品機配備中國自主生產(chǎn)的機載設(shè)研制的簡化版配置合同。

　　與此同時，中國成飛繼續(xù)全速生產(chǎn)首批FC-1殲擊機驗證機，其動力裝置選擇俄羅斯研制的帶加力燃燒室的RD-93雙路式渦噴發(fā)動機，它是米格-29殲擊機采用的量產(chǎn)型RD-33發(fā)動機的改進型號，適宜單發(fā)戰(zhàn)機使用。RD-93改型發(fā)動機與RD-33基礎(chǔ)型號不同，它使用低位配置的傳動匣、新型機身緊固件和改進型控制系統(tǒng)，但在其他方面的重要參數(shù)保持不變，比如額定推力、耗油率、重量和尺寸等。2002-2003年俄羅斯圣彼得堡市克里莫夫公司為中國FC-1原型機供應(yīng)了首批RD-93發(fā)動機試驗樣品。成飛隨即生產(chǎn)了6架FC-1原型機，其中4架用于飛行測試。

　　第一架原型機PT-1于2003年夏天完備，當(dāng)年8月25日成功首飛。當(dāng)日巴基斯坦空軍宣布為計劃采購的FC-1飛機命名為JF-17“雷電”，其中“JF”是“Joint Fighter”(聯(lián)合戰(zhàn)斗機)的縮寫，強調(diào)項目的國際性和中巴合作成果，數(shù)字“17”象征著該機將是巴空軍在美國F-16之后裝備的最先進的殲擊機。第二架原型機PT-2主要用于靜力測試。第三架原型機PT-3成為第二架飛行樣品，于2004年4月9日升空。兩年后的2006年4月28日，第四架原型機PT-4加入飛行測試項目，除了和前兩架飛行樣品一樣測試飛機穩(wěn)定性能、可操作性能、機動性能、起飛著陸性能和主要系統(tǒng)運轉(zhuǎn)情況之外，PT-4原型機還開始測試中國自主生產(chǎn)的航電設(shè)備。第六架原型機PT-6跟PT-4的試驗任務(wù)類似，該機于2006年9月10日首飛。此前生產(chǎn)的第五架原型機PT-5主要用于靜力和壽命試驗。FC-1/JF-17所有原型機的地面和飛行試驗都在中國進行，包括成飛公司飛行基地、中國閻良空軍飛行研究中心和中國空軍靶場。

　　巴基斯坦空軍飛行員從2004年春天開始積極參與試驗。巴空軍飛行員哈克少校和哈比布少校2004年4月10日首次駕駛第3架JF-17原型機試飛，在英國和中國培訓(xùn)的巴空軍4名飛行員隨后加入試驗。盡管首批飛機是在中國境內(nèi)生產(chǎn)和試驗，但是巴基斯坦專家從最開始就積極參與項目工作，從擬定技術(shù)性能要求和飛機構(gòu)想，到直接參與設(shè)計、制造和試驗。為了加強協(xié)同工作，巴基斯坦1995年2月成立“超7”工程管理處，2003年10月更名為JF-17工程管理處，先后由巴空軍多名副元帥負責(zé)。